Phú Yên hiện có 16 tổ chức Hội do Đảng, Nhà nước giao nhiệm vụ. Một số Hội có sự giao thoa, tương đồng về tôn chỉ, mục đích hoạt động; đồng thời, khối lượng sản phẩm công việc thực hiện chưa tương xứng với chức năng, vai trò của một tổ chức. Do đó, tỉnh nhận thấy cần hợp nhất một số tổ chức để tinh gọn đầu mối quản lý, tránh trùng lắp về chức năng, nhiệm vụ và phát huy sức mạnh để kiện toàn năng lực lãnh đạo, quản lý và hoạt động của Hội.

Thực hiện Kết luận của Ban Chỉ đạo tỉnh Phú Yên tổng kết việc thực hiện Nghị quyết số 18-NQ/TW, ngày 25/10/2017 của Trung ương Đảng Khóa XII về "Một số vấn đề về tiếp tục đổi mới, sắp xếp tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị tinh gọn, hoạt động hiệu lực, hiệu quả", UBND tỉnh Phú Yên đã xây dựng phương án sắp xếp các tổ chức Hội do Đảng, Nhà nước giao nhiệm vụ.

Theo đó, tỉnh vận động hợp nhất Hội Đông y và Hội Y học tỉnh (dự kiến tên gọi sau khi hợp nhất là Hội Y học tỉnh); vận động hợp nhất Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật tỉnh với Liên hiệp các Tổ chức hữu nghị tỉnh (dự kiến tên gọi sau khi hợp nhất là Liên hiệp các Hội Khoa học - Kỹ thuật và các Tổ chức hữu nghị tỉnh).

Phú Yên vận động hợp nhất Hội Cựu thanh niên xung phong, Hội Tù chính trị yêu nước và Ban đại diện Hội Người cao tuổi tỉnh (dự kiến tên gọi sau khi hợp nhất là Hội Tù chính trị yêu nước, cựu Thanh niên xung phong và Người cao tuổi tỉnh); vận động sáp nhập Hội Nạn nhân chất độc da cam/dioxin, Hội Người mù, Hội Bảo trợ người khuyết tật và trẻ mồ côi vào Hội Chữ thập đỏ tỉnh (dự kiến tên gọi sau khi hợp nhất là Hội Chữ thập đỏ tỉnh).

Tỉnh đề xuất kết thúc hoạt động của Hội Luật gia tỉnh. Liên minh Hợp tác xã tỉnh và Hội Văn học nghệ thuật tỉnh tự rà soát, sắp xếp lại cơ cấu tổ chức bên trong Hội để giảm số lượng người làm việc. Giữ nguyên Hội Nhà báo và Hội Khuyến học tỉnh.

Sau khi sáp nhập, sắp xếp theo phương án trên, số tổ chức Hội do Đảng, Nhà nước giao nhiệm vụ ở tỉnh Phú Yên còn 8 tổ chức (giảm 8 tổ chức so với hiện nay). Số lượng người làm việc được giao là 58 người (giảm 5 người so với hiện nay); đảm bảo 8/8 tổ chức đều có số lượng người làm việc đáp ứng yêu cầu công tác của Hội.

Thực hiện công tác sắp xếp, tinh gọn bộ máy, UBND tỉnh Phú Yên đã công bố Quyết định 1681/QĐ-UBND, ngày 9/12/2024 chuyển nguyên trạng tổ chức bộ máy, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, nhân sự, tài chính, tài sản, đất đai, cơ sở vật chất, trang thiết bị… của 9 Trung tâm Y tế thuộc Sở Y tế về UBND các huyện, thị xã, thành phố quản lý. Thời gian thực hiện hoàn thành quyết định của UBND tỉnh Phú Yên trước ngày 1/1/2025.